水资源
阿坝藏族羌族自治州岷江干流及最大支流大渡河纵贯全境，其流域内水量充沛、天然落差大，蕴藏着丰富的水能资源。全州大小河流530余条，多年平均水资源总量446亿立方米。水能理论蕴藏量1933万千瓦，占四川省水能蕴藏量的14%；可开发量1400万千瓦，占四川省的11%；水能资源特点是河流落差大，距离负荷中心近，年发电小时长，各类电站单位造价低。
矿产资源
阿坝藏族羌族自治州蕴藏的矿产资源丰富。已发现矿种54个，大型矿床12处，中型矿床10处，小型矿床36处。优势矿种有金、锂、花岗石、大理石、水泥用石灰石、泥炭、矿泉水、石榴子石、泥炭、温泉等。已探明黄金储量116吨，约占四川省的49%。分布在马尔康、金川两县境内，探明储量（矿石量）1546.5万吨，居四川省第二位，平均品位1∽1.2%。呈现集中、埋藏浅、易开采等特点，且锂矿与国内紧缺的铌钽矿共生。大理石已探明储量1239万立方米，占四川省的33%。
植物资源
阿坝藏族羌族自治州有珙桐、红豆杉、岷江柏、紫果云杉等珍稀野生植物资源1500余种，其中药用植物1200种、芳香油植物70种、淀粉植物37种、油脂植物80种、纤维植物79种、单宁植物68种。贝母、虫草、红豆杉、黄芪、红景天、党参、羌活、秦艽、大黄等大宗药材资源丰富，有“天然药库”之称。
动物资源
阿坝藏族羌族自治州脊椎动物资源有553种，其中兽类116种，鸟类338种，爬行类32种，两栖类23种，鱼类44种。州境内有国家一、二级保护动物76种。其中一级保护动物（兽类13种、鸟类10种）有大熊猫、金丝猴、雪豹、云豹、扭角羚、豹、梅花鹿、白唇鹿、野鹿、虎、藏羚羊、玉带海雕、金雕、绿尾虹雉（贝母鸡）、中华秋沙鸭、斑尾榛鸡、黑颈鹤、白鹳、四川山鹧鸪、雉鹑、胡兀鹫、马麝、林麝等23种，二级保护动物（兽类16种、鸟类36种、爬行类1种）有小熊猫、猞猁、黑熊、豺、兔狲、斑羚、岩羊、盘羊、水鹿、藏原羚、水獭等53种。